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正文是医学论文的核心部分，包括引言、材料与方法、结果、讨论、致谢五部分。
一、 引言
引言（前言、导言、绪言、序言）是正文的引子，相当于演说中的开场白。国内刊物引言部分不需另立标题。引言应当对正文起到提纲挈领和引导阅读兴趣的作用。在写引言之前首先应明确几个基本问题：你想通过本文说明什么问题？它是否值得说明？本文将在什么杂志发表或本文的读者是什么人？在写引言乃至整篇论文时都应注意这几个问题。
引言在内容上应包括：为什么要进行这项研究？立题的理论或实践依据是什么？拟创新点何在？理论与（或）实践意义是什么？告诉读者你为什么要进行这项研究是引言的主要内容和目的，这其中也包括说明这项研究的理论和（或）实践意义。
语句要简洁、开门见山，如 “ 重型继发性脑室出血临床表现严重，预后差，病死率高。本文着重探讨用双侧侧脑室穿剌交替引流尿激酶溶解血凝块冲洗结合腰穿脑脊液置换的方法治疗重型继发性脑室出血 ” 。有时我们研究的项目是别人从未开展过的，这时创新性是显而易见的，如 “ 左旋咪唑所至脑病患者的临床与 CT 表现国内陆续有报道 , 但未见磁共振成像的研究 ” 。大部分情况下，我们所研究的项目是前人开展过的，这时说明你的研究与别人的研究的本质区别和创新点是至关重要的，如 “ 已有数项研究探讨了阿斯匹林在缺血性脑卒中的应用，但这些研究均是小规模、非双盲对照的。本研究则采用双盲对照的方法，样本大、观察时间长 ” 。在引言中对与本文相关的研究作一简要的回顾是十分必要的。在研究开始以前就应该对与本研究相关的内容作一系统的回顾，在引言中可以将回顾的结果作简要的概括。
引言的写作在包括上述内容的同时要注意以下事项： ① 内容切忌空泛，篇幅不宜过长。回顾历史择其要点 , 背景动态只要概括几句即可 , 引用参考文献不宜过多。根据以往的经验，一篇 3000 ～ 5000 字的论文引言字数在 150 ～ 250 字较为恰当。 ② 不必强调过去的工作成就。回顾作者以往的工作只是为了交待此次写作的基础和动机，而不是写总结。评价论文的价值要恰如其分，实事求是，慎用 “ 首创 ” 、 “ 首次发现 ” 、 “ 达到国际一流水平 ” 、 “ 填补了国内空白 ” 等提法。因为首创必须有确切的资料。对此，可以用相对较委婉的说法表达，如 “ 就所查文献，未见报道 ” 等。 ③ 不要重复教科书或众所周知的内容。如在讨论维生素 D 是否能预防骨质疏松的文章中，没有必要再说明什么是维生素 D ，什么是骨质疏松。 ④ 引言只起引导作用，可以说明研究的设计，但不要涉及本研究的数据、结果和结论，少与提要和正文重复。结果是通过实验或临床观察所得，而结论是在结果的基础上逻辑推理提升的见解。在引言中即对结论加以肯定或否定是不合逻辑的。 ⑤ 引言一般不另列序号及标题。
二、 材料与方法
材料与方法主要是说明研究所用的材料、方法和研究的基本过程，它回答 “ 怎样做 ” 的问题，起承上启下的作用。材料是表现研究主题的实物依据，方法是指完成研究主题的手段。材料与方法是科技论文的基础，是判断论文科学性、先进性的主要依据。它可以使读者了解研究的可靠性，也为别人重复此项研究提供资料。
材料与方法的标题因研究的类型不同而略有差别，调查研究常改为 “ 对象与方法 ” ，临床试验则用 “ 病例与方法 ” 。不同类型研究的材料与方法的写作也不完全一样。实验研究要交待实验条件和实验方法。 ① 实验条件包括实验动物的来源、种系、性别、年龄、体重、健康状况、选择标准、分组方法、麻醉与手术方法、标本制备过程以及实验环境和饲养条件等。 ② 实验方法包括所用仪器设备及规格、试剂、操作方法。 ③ 试剂如系常规试剂，则说明名称、生产厂家、规格、批号即可；如系新试剂，还要写出分子式和结构式；若需配制，则应交待配方和制备方法。 ④ 操作方法如属前人用过的，众所周知的，只要交待名称即可；如系较新的方法，则应说明出处并提供参考文献；对某方法进行了改进，则要交待修改的根据和内容；对创新的方法，要注意不要将新方法的介绍和运用该方法研究的新问题混在一篇论文中，若论文系报道新方法，则应详细的介绍试剂的配置和操作的具体步骤，以便他人学习和推广。
