继续经营问题
本文将从评估基准日到公司设立日这段经营期称为改制的继续经营期，为论述方便，假设继续经营期间企业赢利。改制过程中股东对这段时间的经营成果一般会有一个协议，有的企业由新老股东共享，有的由老股东享有，不同的继续经营期利润处理方案对账务处理也有不同的影响。对这段时间经营成果的处理应在旧账中进行：如果股东协议中规定这段时间的经营成果由老股东享有，则企业应作利润分配的账务处理；如果股东协议中规定这段时间的经营成果由新老股东共享，则企业无须作利润分配的账务处理。
继续经营期间有一个特殊的问题是固定资产的折旧。如前所述，在旧账中进行固定资产的评估调账时，我们是将固定资产的评估增值和减值按照固定资产的明细表记入账簿中，调账后企业固定资产的账面价值等于调账前固定资产的账面价值与评估增减值的和。由于实物资产出资是按评估值计价的，而评估基准日到设立日之间的继续经营期间固定资产要发生折旧，所发生的折旧费用改制企业是按照原账面原价计提而不是按照评估确认价值计提的。在继续经营期间原企业经营成果由老股东享有的情况下，如固定资产评估出现增值，由于评估增值部分在继续经营期间没有计提折旧，继续经营期间经营成果的计算没有考虑评估增值对折旧费用的影响，实施利润分配后，会出现实物出资不到位的情形。这种情况下，固定资产增值部分所影响的折旧应由老股东在建立新账时补足。这种补足可采用两种方式：一是如果原利润分配未实际支付，可减记应付原股东的利润。二是以现金补足。
会计政策变更问题
由于我国统一的会计制度尚未全面实施，企业改制前后一般会涉及到会计制度的变更。进行股份制改造上市的国有企业旧账通常执行行业会计制度，而在结束旧账建立新账后，新账必须按《企业会计制度》核算。行业会计制度与《企业会计制度》在资产计价方面的一个很大的差别是《企业会计制度》要求对资产减值必须进行记录和报告。
目前《企业会计制度》规定计提的资产减值准备有八项国有企业改制评估中，长期投资、固定资产、无形资产、在建工程等如果出现减值，评估机构一般会作评估减值处理。而流动资产由于流转速度快从而在建账日与评估基准日不同，评估增减值一般无须调账（特殊情况除外），但由于改制前后会计制度的不同，尤其在稳健性方面有差别，对流动资产的资产减值估计存在差异。而企业会计制度要求企业根据实际情况对坏账损失作出合理的估计，股份制改制企业一般采用账龄分析法计提坏账准备。因此改制企业根据实际情况所作出的对坏账的估计，往往比按照行业会计制度规定的坏账准备要高得多。这里就出现了一个矛盾：企业在结束旧账时由于其流动资产没有计提资产减值准备或资产减值准备计提金额很低，在建立新账后按《企业会计制度》进行调整，由于《企业会计制度》较行业会计制度更稳健，新账中反映的净资产必然低于旧账中的净资产金额。如果这两种净资产的差不予考虑，会导致以实物出资的股东出资不到位。为解决这一问题，应该在新账中按《企业会计制度》对资产减值准备进行处理后，将净资产因会计制度不同引起的差额由以净资产出资的股东补足。由于涉及到新设公司的验资工作，补足方式不能采用应收款项的方式。
固定资产的入账价值确定问题
对新账中固定资产如何入账，实务界存在两种观点：一种主张按评估确认的重置价值入账即评估的累计折旧入账，在具体账务处理时，借记固定资产，贷记累计折旧和净资产；一种主张按评估后固定资产净值入账，不体现累计折旧。从《关于执行具体会计准则和〈股份有限公司会计制度〉有关会计问题解答》看，实际上是要求按重置价值入账。而新的固定资产准则要求按投资各方确认的价值作为固定资产的入账价值，即以评估净值入账。从会计报表的列报看，按评估后固定资产净值入账存在较大的弊端。由于累计折旧能够反映固定资产新旧的信息，按净值入账虽然不影响资产总额，但会使固定资产的新旧信息丢失。而按重置价值入账则不存在上述弊端。由于固定资产准则颁布晚于财政部其他相关文件，具体的会计处理应以固定资产准则为依据。
